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バイオグリッド スパコン創薬プロジェクト

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シミュレーション創業

「京」による医薬品開発効率の抜本的解決

実験の代わりにコンピューター上で結合をシミュレーションする
⇒ 開発費用の削減への期待

現状のコンピュータ創薬技術は医薬品開発効率の抜本的な解決になっていない

予測精度が悪すぎる
正答率:5%程度

精密な結合シミュレーションによる予測精度の劇的向上(目標正答率70%)

「京」の圧倒的な計算機パワーで医薬品開発効率の抜本的な解決を目指す

MP-CAFEE法:Massively Parallel Computation of Absolute binding Free Energy

結合の強さを正確かつ頑強に予測するために、分子の動きや溶媒(水分子)も含めたアンサンブル型長時間MDシミュレーションを実現。


15個の化合物についてタンパクとの結合の強さを計算するのに、通常の汎用機では20年かかるところが、「京」をフルに利用したら1週間程度で計算が可能

実験では新規な化合物を化学合成し生物活性評価するのに2ヶ月程度かかるため、計算でタンパク質と化合物の強さを求めることで期間・コスト削減を実現

MP-CAFEE法による予測と実験結果との比較



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